雀兒山書院學制為四年，第一年以四書五經為主，各學科均要涉獵；一年后通過考試分配方向，也可以自行選擇，但分數不夠只能服從調劑，否則就要留級；后三年除了應試文章的訓練，還要深入學習專業知識，這三年間隨時可以參加科舉，取中‌舉人‌才能參加吏部‌銓選，介時榮賀會出面干預，優先按所學專業分配到各地方出任佐貳官員，成績優異者分入六部‌，也可申請留校做□□，繼續做研究。